Celem Funduszu Strefowego jest gromadzenie środków stanowiących wpływy z części podatku dochodowego od dochodów osiąganych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnych stref ekonomicznych.
Wpłaty na rachunek Funduszu pochodzą z wpływów z podatku dochodowego od osób prawnych lub z podatku dochodowego od osób fizycznych i dokonywane są przez urzędy skarbowe właściwe dla podatników danej strefy ekonomicznej.
Środki Funduszu będą przeznaczone na wsparcie nowych inwestycji związanych z utworzeniem lub rozbudową przedsiębiorstwa należącego do podatnika, jak również z rozpoczęciem w przedsiębiorstwie działań obejmujących dokonywanie zasadniczych zmian produkcji lub procesu produkcyjnego.
Podstawą prawną funkcjonowania Funduszu Strefowego jest ustawa z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz. U. Nr 188, poz. 1840, z późn. zm.),rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 22 lutego 2005 r. w sprawie przekazywania i rozliczania wpływów z podatku dochodowego na rachunek Funduszu Strefowego (Dz. U. z 2013r., poz. 734) oraz rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 21 marca 2006 r. w sprawie udzielania wsparcia nowej inwestycji z Funduszu Strefowego (Dz.U. nr 59, poz. 409, z późn. zm.).
Fundusz, zgodnie z zapisami ustawy, funkcjonować będzie do roku 2023.